Né à Saint-Louis en 1885, il était le second fils de Malick Sy.
Il succède à son père en 1922 et est le premier au Sénégal à avoir porté le titre de Khalife Général des Tidianes. Il est le père de Mansour Sy (l'actuel khalife) et de Serigne Cheikh Ahmed Tidiane Sy. Quelques jours avant la disparition de Malick, il fut rappelé par lui alors qu'il séjournait à Rufisque et lui donna quelques conseils en compagnie de son ami Nourou. Il fut Khalife Général des Tidianes de 1922 à 1957.
Babacar Sy laissera le souvenir d'un grand savant mystique, à la probité et à la rigueur morale irréprochables.
Il a été le premier à créer les "dahira", ces clubs mystiques où se forment les adeptes de la religion, en 1932.
Il décède à Tivaouane le 25 mars 1957
En toi khalifa nous avons foie
En toi khalifa nous avons confiance
En toi khalifa nous coyons